a. Nhóm công tác nhân quyền - Liên minh NGO vận động nhân quyền quốc tế Indonesia (HRWG)

Liên minh NGO vận động nhân quyền quốc tế Indonesia (HRWG) được thiết lập bởi nhiều NGO hoạt động về các vấn đề khác nhau có nguyện vọng cùng chia sẻ mối quan tâm về quyền con người, với mong muốn tối đa hóa hiệu quả hoạt động vận động và tạo nhiều áp lực hơn lên chính quyền Indonesia đối với việc thực thi các nghĩa vụ quốc tế và tôn trọng các quyền hiến định. Mạng lưới này đặt trụ sở tại thủ đô Jakarta đã tổ chức nhiều hình thức hoạt động đa dạng nhằm tăng cường năng lực cho các NGO, vận động chính sách, phát triển liên minh với các cá nhân, tổ chức bảo vệ nhân quyền ở cấp địa phương, quốc gia, cũng như ở phạm vi khu vực và quốc tế… Rafendi Djamin, điều phối viên của mạng lưới gồm hơn 40 tổ chức này từ năm 2003, gần đây được chính quyền bổ nhiệm làm người đại diện của Indonesia tại Ủy ban Nhân quyền Liên chính phủ ASEAN. Điều này phần nào thể hiện sự coi trọng các NGOs của chính quyền Indonesia, đặc biệt khi  so sánh với các quốc gia ASEAN khác hầu hết đều bổ nhiệm một quan chức chính quyền đại diện cho quốc gia mình tại cơ quan nhân quyền khu vực.[1]

b. Uỷ ban vì những người mất tích và nạn nhân của bạo lực (KontraS)

Uỷ ban vì những người mất tích và nạn nhân của bạo lực (The Commission for “the Disappeared” and Victims of Violence - KontraS) ra đời trong bối cảnh chế độ độc tài của Suharto trấn áp các lực lượng chính trị đối lập, các chính đảng, các tổ chức cộng đồng. Các NGO và các phong trào sinh viên phải chịu truy bức, bắt bớ, giam cầm và điều tra tàn bạo. Một số hoạt động trấn áp thông qua bộ máy công quyền một cách “chính thức”, một số khác được thực hiện kín và tuỳ tiện đặc biệt dồn dập trước cuộc tổng tuyển cử năm 1997. Đoán trước được khuynh hướng bạo lực có thể xảy ra do liên quan đến các cuộc bầu vừ, một số NGO đã lập nên KIP-HAM - Ủy ban độc lập giám sát các vi phạm nhân quyền - đặt trụ sở tại Jakarta Pusat.

Trong những năm sắp sụp đổ, chế độ Suharto ngày càng bất chấp các thủ đoạn để quy trì quyền lực. Các vụ mất tích cưỡng bức xảy ra ngày càng nhiều. Cộng với những căng thẳng do khủng hoảng kinh tế, bạo lực ngày càng tràn lan trong xã hội, mhà nước, sử dụng các nhân viên an ninh và quân đội thực hiện việc bắt giam và bắt cóc nhiều nhà hoạt động sinh viên như Andi Arief, Waluyo Jati, Nezar Patria, Herman Hendrawan, Bimo Petrus, Mugiyanto, Wiji Thukul, Suyat … Cùng lúc, phong trào dân chủ bày tỏ sự phản đối sự trấn áp này từ chính quyền. Với sự quan tâm sâu sắc đến số lượng nạn nhân của bạo lực do nhà nước bảo trợ, các nhà hoạt động từ các NGO và các tổ chức sinh viên như Quỹ hỗ trợ pháp lý Indonesia (YLBHI), Viện nghiên cứu chính sách và vận động (Elsam), Liên minh nhà báo độc lập (AJI - Alliance of Independent Journalists), Ủy ban độc lập giám sát bầu cử (KIPP), PIPHAM, Phong trào sinh viên Hồi giáo Indonesia (PMII) và CPSM đã quyết định lập một lực lượng để xác định những kẻ phải chịu trách nhiệm về bạo lực và mất tích. Nỗ lực này được ủng hộ bởi nhiều nhân vật có ảnh hưởng.

Tháng 3/1998, KIP-HAM đổi tên thành KontraS (Uỷ ban vì những người mất tích và nạn nhân của bạo lực). Do có một liên minh hùng hậu đứng đằng sau, KontraS trở thành một tổ chức hàng đầu đối diện với chính quyền độc tài Suharto. Trong thời kỳ này KontraS phải sử dụng những chiến thuật khéo léo để có thể duy trì các hoạt động của mình. Sau khi chế độ Suharto sụp đổ, các chế độ kế tiếp vẫn tiếp tục chịu nhiều ảnh hưởng lớn bởi quan đội, tham nhũng tràn lan và nhiều xung đột sắc tộc. KontraS đã liên kết hoạt động với nhiều nhóm, đặc biệt là phong trào sinh viên. Từ năm 2004, tổ chức KontraS tại các địa phương liên kết lại thành Liên đoàn KontraS. Các thành viên của Liên đoàn hiện nay là: KontraS, KontraS Papua, KontraS Sumatera Utara, KontraS Sulawesi và Ad-hoc KontraS East Timor.

Ở cấp quốc gia, hiện nay KontraS là thành viên của Nhóm hành động vì nhân quyền (Human Rights Working Group - HRWG) và Diễn đàn NGO quốc tế về Phát triển Indonesia (International NGO Forum on Indonesian Development - INFID). Ở cấp khu vực, KontraS là thành viên của Liên đoàn châu Á chống mất tích cưỡng bức (Asian Federation Against Involuntary Disappearances - AFAD), Diễn đàn nhân quyền và phát triển  châu Á (Asian Forum for Human Rights and Development), Mạng lưới chống hình phạt tử hình  châu Á (Anti-Death Penalty Asia Network - ADPAN), Diễn đàn đoàn kết nhân dân  châu Á (Solidarity of Asian People Advocacy - SAPA Forum) và mạng lưới NGO  châu Á về cơ quan nhân quyền quốc gia (ANNI).  Từ năm 2008, KontraS là đối tác chiến lược của Amnesty International tại Indonesia.[2]